一般情况下，发烧后半夜哭闹可能是环境较热、肠道感染病菌等原因导致，可以在医生指导下通过应用药物、改善生活习惯等方式进行处理。
1、环境较热：在睡觉时如果盖较多的被子，可能导致身体不适，出现体温升高、出汗、烦躁等现象，从而可能导致发烧后半夜哭闹。建议在睡觉时保持室内通风，防止出现室内环境较热的情况出现，同时在出汗后及时补充水分，避免出现电解质失衡的情况。
2、肠道感染病菌：肠道感染病菌可能会使肠道菌群环境被破坏，出现拉肚子、腹痛、发烧等症状，从而可能导致出现发烧后半夜哭闹的现象。可以遵医嘱服用枯草杆菌二联活菌颗粒、酪酸梭菌活菌散等药物治疗。同时在日常生活中可以适当进行体育锻炼，有助于提高身体免疫力。