一般情况下三个月的宝宝睡觉抓耳挠腮，摇头晃脑可能是脂溢性皮炎、缺钙等原因引起的，建议通过调节生活方式进行改善，应用药物进行治疗。
1.脂溢性皮炎
由于宝宝头部鳞屑没有清理干净或是进食后乳汁没有清理干净导致宝宝出现脂溢性皮炎，引起瘙痒，所以出现睡觉抓耳挠腮，摇头晃脑的现象。建议在医生的指导下应用药物复合维生素B片、酮康唑乳膏等药物进行治疗。日常要注意卫生，进食后可用婴儿湿巾清洁。
2.缺钙
宝宝的生长速度过快、摄入食物不足等原因就会造成婴儿缺钙，通常宝宝缺钙会出现摇头晃脑、夜啼、抓耳捞腮等症状，缺钙严重影响宝宝的生长发育，建议在医生的指导下通过应用维生素D滴剂、龙牡壮骨颗粒等药物进行治疗，平时带宝宝多到户外晒晒太阳有助于钙质的吸收。