通常眼睛揉了之后里面肿有水疱可能是由于麦粒肿、眼睑脓肿等原因导致，一般可以通过在医生指导下使用药物、热敷、培养健康的用眼习惯等方式进行治疗。
1.麦粒肿
通常麦粒肿是由于细菌感染、异物入眼等原因引起，常伴有眼睑处出现水疱、眼部肿痛灼热等症状，所以可能造成眼睛揉了之后里面肿有水疱的现象，一般可以通过在医生指导下使用药物等方式进行治疗，如盐酸左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏等。日常生活中需注意用眼卫生，不要用手揉眼睛。
2.眼睑脓肿
通常眼睑脓肿是由于睑腺炎、细菌感染等原因引起，常伴有眼睑出现脓肿水疱、有异物感等症状，所以可能造成眼睛揉了之后里面肿有水疱的现象，一般可以通过在医生指导下使用药物等方式进行治疗，如鱼石脂软膏、苯唑西林钠胶囊等，可以用热毛巾或蒸汽眼罩进行局部热敷，促进脓肿吸收。