一般情况下，睡觉起来两个腿肚子疼是低钙血症、风湿性关节炎等因素引起的，可以通过药物治疗等方式进行治疗。并在日常生活中注意个人卫生，多休息，避免剧烈运动等。
1.低钙血症：通常是患者维生素D代谢障碍、钙元素供不应求等因素造成人体骨骼的代谢吸收水平低，以及骨量偏少骨质的强度较低等因素，对小腿骨骼局部造成循环障碍，导致压迫变形骨膜神经从而产生疼痛，因此会出现睡觉起来两个腿肚子疼的现象，建议在医生指导下使用骨化三醇软胶囊、碳酸钙片等药物进行治疗。
2.风湿性关节炎：通常是患者不注意保暖、所属环境温度过低、长时间在水中浸泡等因素引起，造成风湿性关节中滑膜炎症和骨质破坏，导致关节结构遭到破坏甚至变形，从而引发疼痛，建议在医生指导下使用红霉素软膏、乙酰螺旋霉素片、布洛芬缓释胶囊等药物进行治疗。