一般情况下，运动后左右两侧小腹疼可能是由于胃肠道痉挛、急性肠胃炎或胆囊结石等原因导致。通常可以通过药物治疗、手术治疗或改善生活习惯等方式进行治疗。
1.胃肠道痉挛：通常可能由于患者剧烈运动、饮食不规律或心理压力过大等原因导致的，患者可能会出现腹痛、恶心或腹泻等症状。通常患者可以在医生指导下，应用阿托品片、奥美拉唑胶囊或山莨菪碱片等药物进行治疗。建议患者在日常生活中调整饮食习惯，适量运动，提高自身免疫力。
2.急性肠胃炎：通常可能由于病毒感染、过敏或饮食习惯不规律等原因导致的，患者可能出现腹痛、恶心呕吐、腹泻等症状。在医生指导下，患者可以通过应用蒙脱石散、颠茄片或溴丙胺太林片等药物进行治疗。
3.胆囊结石：通常可能由于胆汁淤积、饮食不规律或糖尿病等因素导致的，患者可能会出现腹部疼痛、腹胀等症状。在医生指导下，患者可以通过腹腔镜胆囊切除术或腹腔镜下保胆取石术等手术方式进行治疗。