通常情况下，深呼吸脖子两侧疼可能是由于支气管炎、颈椎病等原因导致的，一般可以通过应用药物或理疗等方式进行缓解治疗。
1、支气管炎：通常是由于病原体感染、长期吸烟等原因造成的，常常可能伴有疼痛、发热等症状，深呼吸时症状可能会加重，从而出现脖子两侧疼的情况。建议患者可以在医生的指导下，通过应用盐酸左氧氟沙星片、罗红霉素胶囊等药物进行缓解治疗。
2、颈椎病：颈椎病一般是由于过度劳动、损伤、骨质增生等原因导致的，主要表现为颈部僵硬、不适、疼痛等症状。建议患者可以通过直流电离子导入疗法、低频调制的中频电疗法等物理方法进行治疗。