一般情况下，打哈欠肩膀疼可能是由于肩颈肌肉劳损、神经根型颈椎病等原因导致的。建议在医生指导下通过应用药物、物理治疗等方式进行治疗。
1.肌肉劳损：通常可能是由于肌肉劳损所致，患者可能会出现局部肿胀、酸痛等症状。在医生指导下，患者一般可以通过应用扶他林软膏、氟比洛芬凝胶贴膏等药物进行治疗，还可以通过热敷、冷敷等方式进行辅助治疗。
2.神经根型颈椎病：打哈欠时会引起胸腔腹腔的压力增高，导致颈椎椎管内的压力增高，使患者出现肩膀的放射性的疼痛。在医生指导下，可以通过应用塞来昔布胶囊、盐酸氟桂利嗪胶囊等药物进行治疗。