通常早上起来肺部不舒服可能是由于肺炎、肺结核等原因导致，一般可以通过应用药物、改善生活习惯等方式进行治疗。
1、肺炎：通常肺炎是由于病原微生物感染引起、过敏反应等原因引起，常伴有胸痛、咳嗽等症状，尤其是在早起后症状更加明显，所以可能造成早上起来肺部不舒服的现象。患者一般可以通过按医嘱应用利巴韦林颗粒、阿昔洛韦片等药物进行治疗，同时为保证病情的良好恢复应保证良好的睡眠，劳逸结合，避免过度劳累。
2、肺结核：通常肺结核是由于结核分枝杆菌感染、抗病能力减弱等原因引起，常伴有咳嗽、咳痰等症状，所以可能造成早上起来肺部不舒服的现象。患者在患病后应当及时前往医院，在医生的指导下通过应用氨基己酸注射液、氨甲苯酸注射液等药物进行治疗。