通常智齿凹槽发黑很疼主要是由于智齿出现了龋坏、智齿冠周炎等因素引起，建议患者在医生指导下使用药物、手术等方式进行治疗。
1、智齿出现了龋坏：由于智齿在口腔的位置较深，在生活中刷牙漱口的时候很难清理到位，容易导致该位置被感染，引发红肿、疼痛等症状。智齿出现了龋坏时，龋坏的智齿表面会出现牙釉质脱矿，导致食物残渣和色素的堆积，因此会出现智齿凹槽发黑很疼的情况。建议患者在医生的指导下使用甲硝唑片、替硝唑片等药物进行治疗，严重者可通过拔牙术将智齿拔掉进行处理。
2、智齿冠周炎：通常智齿冠周炎主要是由于智齿萌出空间不足致使食物嵌顿及细菌繁殖、免疫力下降等因素引起，常伴有牙釉质呈黑色、吞咽痛、咀嚼痛等症状。一般建议在医生指导下使用过氧化氢溶液、生理盐水等药物进行冲洗，也可以使用阿莫西林胶囊、盐酸米诺环素胶囊等药进行治疗，严重者可通过应用冠周龈瓣切除术、智齿拔除术等手术进行治疗。