一般情况下，膝盖上皮下有肉眼可见的小疙瘩，可能是毛囊炎、扁平疣等原因导致，可以通过药物治疗等方法进行治疗。如果患者膝盖上皮下有肉眼可见的小疙瘩，还是建议患者及时到医院进行详细检查，明确病因，在医生的指导下进行相应处理。
1.毛囊炎：如果患者皮肤、毛囊受损，细菌会通过皮肤进而感染毛囊，引发毛囊炎症，导致皮下出现小疙瘩。患者可以在医生的指导下使用阿莫西林胶囊、鱼石脂软膏、夫西地酸乳膏等药物进行治疗。
2.扁平疣：如果患者的免疫力降低，容易受到病毒、细菌的感染，如果感染的是人乳头瘤病毒，就会得扁平疣，其主要的症状就是在皮肤形成小疙瘩。可以在医生的指导下通过使用水杨酸软膏、维A酸乳膏等药物进行治疗。