通常刷牙隐隐作痛可能是由于因为牙龈炎、牙周病等疾病导致，一般在医生的指导下可通过应用药物、改善作息等方式进行治疗。
1.牙龈炎：牙龈炎是由牙菌斑、牙石等原因导致的，患者一般会出现牙龈出血、牙痛等情况，因此刷牙隐隐作痛是可是会由于牙龈炎导致的，建议患者在医生的指导下应用头孢拉定分散片、甲硝唑片等药物治疗，同时建议患者在生活中早晚刷牙、饭后漱口，这样有利于疾病的恢复。
2.牙周病：牙周病是因为菌斑、细菌等原因导致的，患者通常会出现牙龈肿胀、冷热酸刺激敏感、牙龈出血等现象，因此刷牙隐隐作痛是可是会由于牙周病导致的，建议患者在医生的指导下应用盐酸四环素片、替硝唑片等药物疗。