碘伏副作用比较少，用药前需做好患处清洁，将有分泌物或者脓液清除掉后再使用此药，这样更有利于药效发挥。少部分人可能会出现局部刺激反应，与其他药物混合使用的情况，可能会出现过敏反应。
1.局部刺激反应：碘伏属于消毒防腐剂的一种，在临床上对患处皮肤和粘膜进行抗菌、消炎，部分人皮肤比较敏感的情况下，可能会出现轻微且短暂的刺激反应，比如感觉到疼痛，外用时会有灼烧感，皮肤出现红肿，瘙痒等，多数在一段时间后会自行消失。
2.药物过敏反应：碘伏能够杀死细菌繁殖体、芽孢、真菌、部分病菌和原虫，多作外用，不能口服使用，容易对消化粘膜造成伤害。如果与酒精、红药水等混合使用，会导致皮肤过敏损伤，包括剥脱性的皮炎甚至过敏性休克等，严重时需停止用药并及时就医。