小孩每天半夜三点哭闹有可能是由于环境因素的原因导致的，也有可能是由于缺钙的原因引起的，建议家长带孩子到医院明确病因后，进行相应的治疗。
1.环境因素，小孩睡觉的时候温度不能过冷或者过热，可能会导致小孩出现哭闹的症状，建议家长根据室内的温度及时增添被褥，以免引起不适。
2.缺钙，随着年龄的增长或者小孩厌食，可能会导致出现缺钙的现象，可以通过外周静脉血化验的方法，检查是否缺钙，如果确诊缺钙，身体上可能会出现乏力、抽搐、饮食以及哭闹等症状，可以在医生的指导下，服用相应的药物治疗，比如赖氨酸磷酸氢钙颗粒、小儿善存片、小儿碳酸钙D3颗粒，可以给身体补充钙元素，日常生活中可以适当的晒一晒太阳，能够达到帮助钙吸收的效果。