枕骨大孔疝通常不可以腰穿。这是由于腰穿可能会导致患者椎管内压力降低，加重枕骨大孔疝症状，可能还会出现休克甚至死亡等严重后果。由于腰穿是在医生操作下，向腰椎管腔内进行穿刺，通过穿刺针穿入给药，而枕骨大孔疝的基本病因为颅内压增高，导致小脑扁桃体和延髓被推挤至椎管上端而引起该疾病，因此枕骨大孔疝若腰穿，可导致颅内压进一步增高，出现脑出血，引发休克甚至死亡等严重后果。
临床治疗枕骨大孔疝，需在医生操作下应用手术进行治疗。若该疾病患者为急性期，则需在医生操作下，采取急救措施，降低患者颅内压进行急救，在医生操作下应用静脉输注高渗透药物，如甘油果糖氯化钠注射液、甘露醇注射液等进行降低颅内压处理。此外患者也可在医生操作下，通过手术方式治疗枕骨大孔疝，临床常用手术方式有穿刺引流术、减压术等。