一般情况下，滴了色甘酸钠眼睛疼可能是药物的不良反应引起，同时还可能是药物的耐药性导致的，建议在医生的指导下通过减少药物的剂量或者更换药物等方式缓解。
1.药物不良反应：色甘酸钠，也就是色甘酸钠滴眼液，临床上常用于预防和治疗春季过敏性结膜炎，本品不良反应包括偶尔出现刺痛感、过敏。所以滴了色甘酸钠滴眼液眼睛疼考虑可能是药物刚使用时的不良反应引起，建议先进行观察，如果疼痛可以忍受，无需进行特殊处理。如果疼痛感严重且持续时间久，应遵医嘱减少本药物的剂量，同时应尽量避开过敏原，户外活动时可通过佩戴太阳镜的方式保护眼睛，避免用手揉搓双眼。
2.药物耐药性：色甘酸钠滴眼液在预防和治疗春季过敏性结膜炎具有比较好的作用，部分患者长期使用色甘酸钠滴眼液可能出现耐药性，所以导致滴了色甘酸钠滴眼液后有眼睛疼的情况。出现耐药性后，治疗效果不明显，建议前往专业医院，在医生的指导下通过更换其他药物进行治疗，例如盐酸奥洛他定滴眼液、富马酸依美斯汀滴眼液。