一觉起来眼底红眼睛疼可能是视疲劳、结膜炎导致的，可以通过应用药物、改善生活习惯进行治疗。平常可以多食用动物肝脏。动物肝脏中维生素A能保护眼睛，维持正常视力，防止眼睛干涩、疲劳。
1.视疲劳：长时间看手机、过度用眼、缺乏睡眠、在暗处用眼等原因均可导致眼睛酸涩、异物感、充血、易流泪等症状，出现一觉起来眼底红眼睛疼的情况。该情况建议在医生指导下使用一些眼药水，如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。
2.结膜炎：结膜炎常见的症状包括分泌物增多、异物感等，常出现结膜充血等体征。患有结膜炎时可出现一觉起来眼底红眼睛疼的情，建议患者在日常生活中养成良好的用眼习惯，避免不卫生用眼。同时患者可以在医生指导下通过盐酸左氧氟沙星滴眼液、氯霉素滴眼液等药物进行治疗。