通常打了宫颈癌疫苗还是感染了可能是由于在打疫苗之前就已经携带病毒了，疫苗只能预防部分高危和低危类型并不能全部预防，一般可以通过药物和物理等方式治疗。
1.打疫苗前已经感染病毒：打了宫颈癌疫苗还是感染了可能是由于在打疫苗前已经感染了某种类型的病毒，宫颈癌疫苗只是预防感染HPV病毒的。如果打疫苗之前已经感染了某种类型的HPV病毒，预防效果只能达到60%，那么即使打了宫颈癌疫苗也可能会感染，一般可在医生指导下应用匹多莫德颗粒、女性抗毒解洁阴复合剂等药物治疗。
2.疫苗只是针对部分HPV病毒：目前宫颈癌疫苗主要有3种，二价疫苗主要预防HPV16、HPV18两种类型病毒，四价疫苗主要预防HPV16、HPV18、HPV6、HPV11四种类型病毒，九价疫苗主要预防7种高危类型，2种低危类型。目前HPV类型有200多种，所以即使打了宫颈癌疫苗，也有可能感染，感染HPV后可以通过高频电刀治疗、液氮冷冻等物理方式治疗。