三岁宝宝早上晚上发热可能是生理原因，以及消化不良、感染等引起的，可以通过调整生活方式、药物治疗、物理降温等方式进行治疗。建议家长带宝宝及时去医院就医，在医生的指导下进行相应的治疗。
1.生理原因：环境温度会影响体温，早上晚上温差大，三岁宝宝体温调节能力差，容易受外界温度影响导致体温升高。建议早晚给宝宝适量增添衣物，适量多喝温水来缓解温差带来的影响。
2.消化不良：由于胃肠蠕动比较慢，吃得食物在早上和晚上不能尽快排空，出现积食导致发热。平时注意给宝宝调整饮食，选择清淡易消化的食物，同时使用贴退烧贴、冷敷额头、温水擦浴等物理方式降温。
3.感染：宝宝容易受到细菌、病毒等致病菌的感染，会造成免疫系统受到侵犯，导致体温中枢调定点移动，容易引起早上晚上发热。可以在医生指导下使用利巴韦林片、布洛芬等药物进行治疗。