上清丸和黄连上清丸基本没有本质的区别，上清丸包括牛黄上清丸、黄连上清丸等，因此黄连上清丸是其中的一种。无论是上清丸还是黄连上清丸，一定要遵医嘱服用，不可自行随意服用，脾胃虚寒者以及孕妇禁用。
上清丸主要由人工牛黄、菊花、薄荷等中药制成，有散风止痛、清热泻火的功效，对于热毒火旺引起的目赤耳痛、口舌生疮等有很好的治疗作用。黄连上清丸主要由黄连、连翘、栀子等制成，有泻火止痛、散风清热的功效，也可以用于治疗热毒火旺引起的相关症状。这两味药物虽然在药物组成上不同，但是药效基本上是相同的，因此，在出现以上这些症状时，都可以服用。