通常，睡醒尿液咖啡色考虑可能与食物或者药物有关、肾炎等原因引起，患者在患病后应当及时前往医院，在医生的指导下通过应用药物、改善生活习惯等方式进行治疗。
1.食物或者药物：睡醒尿液咖啡色可能是睡前食用火龙果引起的，同时还可能是服用利福平胶囊的原因，这是服用该药物的正常反应，无需进行特殊处理。
2.肾炎：睡醒尿液呈咖啡色可能是肾炎引起，细菌感染或者长期抽烟酗酒等原因可能引起肾炎，常伴随血尿、双下肢水肿等情况。建议遵医嘱应用嗪氯噻嗪片、马来酸依那普利片等药物进行治疗，同时患者在日常生活中应当注意尽量避免食用生冷、辛辣、刺激性等的食物，同时在患病期间应当尽量避免进行重体力劳动，以免导致病情进一步加重。