发烧第二天眼睛疼可能是由于结膜炎、角膜炎等所导致的，患者应当及时前往医院，在医生的指导下通过应用药物、改善生活习惯等方式进行治疗。
1、结膜炎：如果患者存在有发烧的情况，即代表体内存在有炎症的情况，如果患者发烧的情况没有得到及时的治疗，便可能会导致炎症发生扩散，进而导致患者并发结膜炎，最终出现发烧第二天眼睛疼的情况出现。患者在患上该种疾病后应当及时前往医院，在医生的指导下通过应用对乙酰氨基酚片、盐酸左氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。
2、角膜炎：角膜炎主要是由于病原微生物感染所导致的，同时如果患者存在有发烧的情况也可能会导致角膜炎的发生。患者应当遵循医嘱通过应用头孢拉定颗粒、阿昔洛韦片等药物进行治疗。患者在日常生活中应当注意尽量避免使用生冷、辛辣、刺激性等的食物，可以适当多吃一些富含蛋白质、维生素、矿物质等营养物质的食物，从而在一定程度上帮助身体恢复。