眼睛里有透明长条的虫子，可能是由于飞蚊症或结膜炎等疾病导致的。建议去医院就诊，明确具体病因，在医生指导下使用药物或手术等方式治疗。
1、飞蚊症：若患有飞蚊症，则表现为注视白色物体或天空时，眼睛里有透明长条虫子样浮游物，这是由于玻璃体老化或玻璃体积血等原因导致的。若症状较为轻微，且不影响视力，通常无需经过特殊治疗。若检查发现患者有视网膜裂孔或视网膜脱落等症状，需在医生操作下进行手术治疗，临床常用手术方式有玻璃体切割术、玻璃体腔注气术等。
2、结膜炎：结膜炎可引起，眼部透明丝状分泌物，像眼睛里有透明长条状虫子，结膜炎通常是由于用眼习惯不加或不注意眼部卫生等原因导致的。若同时伴有眼部灼烧感、畏光等，建议在医生指导下使用药物治疗，如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素地塞米松眼膏等。