一般情况下，排卵期同房后第三天流褐色分泌物通常是由于生理性原因或者病理性原因引起，生理性原因不用进行处理，病理性原因可以通过应用物来进行治疗。
1、生理性原因：排卵期激素分泌比较旺盛，此时子宫内膜会出现生理性的出血，也称之为突破性出血。部分患者会出现褐色的分泌物，通常在一周之内会结束，不用特殊处理，在日常生活中保持外阴部清洁即可。
2、病理性原因：病理性原因主要是指宫颈柱状上皮异位或者阴道内炎症，患者在同房后也会出现褐色分泌物的情况。可以在医生的指导下应用注射用头孢曲松钠、盐酸多西环素胶囊等药物来进行治疗。