通常情况下，胎儿消化道畸形的发生率相对比较低的。胎儿消化道畸形通常与遗传、因素有关系。如果患者家属有消化道畸形的病史，下一代发生畸形的概率高于普通人群，胎儿的母体如果经常接触辐射环境、有害气体、抽烟喝酒等，均会对胎儿产生一定的影响，从而出现胎儿消化道畸形的情况，但一般在正常状态下，胎儿是不会发生消化道畸形的。
一般情况下，如果发现胎儿消化道畸形，如果畸形情况并不严重，通常可以待孩子出生后再根据胎儿的具体情况进行正畸手术。如果畸形严重，胎儿出生后治疗预后效果不良，通常建议进行钳刮术、负压吸引术等终止妊娠。