通常流清鼻涕早上起来咳嗽可能是感冒、过敏性鼻炎等导致的，一般可在医生的指导下通过应用药物进行治疗，并且还需要调整生活方式进行治疗。
1.感冒：通常感冒是由于感染流感病毒、着凉等原因引起的，常伴有咳嗽、流鼻涕等症状，所以会有流清鼻涕早上起来咳嗽的现象，一般可以在医生指导下应用复方氨酚烷胺胶囊、感冒灵颗粒等药物治疗。患者注意多喝水，因为免疫力较低，不要去人员密集的场所，防止感染其他疾病，导致病情的加重。
2.过敏性鼻炎：通常过敏性鼻炎是由于过敏原过敏、感冒等疾病诱发等原因引起的，常伴有流涕、咳嗽等症状，所以会有流清鼻涕早上起来咳嗽的现象。一般可在医生指导下应用孟鲁司特钠片、氯雷他定片等药物治疗。患者需注意出门佩戴口罩，远离过敏原，并且治疗期间定时定量使用药物。