通常情况下，睡醒两边肾疼有点恶心可能是由于肾炎、肾结石等引起的，患者可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。
1.肾炎：肾炎会导致患者的胃肠道出现水肿的现象，还会影响肠胃蠕动的速度，患者刚睡醒以后由于炎症的刺激，会导致患者出现两边肾疼有点恶心的症状。患者可以根据医嘱应用药物，如复方环磷酰胺片、醋酸泼尼松片等进行治疗，也可以采取肾移植手术进行治疗。
2.肾结石：肾结石会导致患者的胃肠道神经出现反射的现象，引发睡醒后肾疼恶心的症状。患者可以根据医嘱进行体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石术等进行治疗。同时注意在日常生活中注意体育锻炼，提高身体抵抗力，在饮食上可以多摄入新鲜蔬菜、水果等，避免食用辛辣刺激性食物。