一般情况下，尿颜色呈现为深褐色并且腰痛，可能是由于急性肾盂肾炎或者输尿管结石等原因引起，患者可以通过应用药物或者手术的方式来进行治疗。
1.急性肾盂肾炎：肾部的炎症可能会导致肾部组织黏膜发生糜烂，所以导致血液渗出，从而造成小便会呈现为深褐色的情况，同时还会引起肾部的疼痛以及腰部的放射性疼痛。患者可以遵医嘱应用头孢克洛胶囊以及左氧氟沙星片等药物来进行治疗。
2.输尿管结石：输尿管中如果出现了结石，结石在运动的过程中会导致黏膜破损，所以小便的颜色会呈现为深褐色，如果结石的体积较大，会对输尿管造成堵塞，引起肾积水，进而出现腰痛的情况。患者可以在医生的指导下，通过体外冲击波碎石手术来进行治疗，同时要大量饮水，多进行运动促进结石的排出。