早上睡醒两侧肾区酸胀可能是由于腰肌劳损或者肾结石引起的，患者通常可以在医生指导下使用药物或者进行手术治疗。
1、腰肌劳损：腰肌劳损通常是由于过度劳累引起的，临床上常见的症状有腰部酸痛、酸胀、劳累后更加明显等。通常出现腰肌劳损的患者可以在医生指导下使用布洛芬片、依托考昔片等药物进行治疗。
2、肾结石：肾结石患者也会出现两侧肾区酸胀的症状。肾结石患者还可能出现肾区疼痛、恶心呕吐、血尿等症状。通常出现肾结石的患者可以在医生指导下使用枸橼酸氢钾钠颗粒、哌替啶片等药物进行治疗，严重患者可以进行体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石术等手术治疗。