总甲状腺素低需要进行甲状腺激素替代治疗。药物一般选择左甲状腺素钠片、甲状腺片替代治疗，治疗一般是从从小剂量开始，逐渐增加药物的用量，直到检测甲状腺功能恢复正常。甲状腺功能恢复正常后依然需要继续长期服用此时的药物剂量，并在医生的指导下定期的复查甲状腺功能进行药物的微调整。
需要注意总甲状腺素低一般见于甲减、低T4综合征、桥本甲状腺炎等甲状腺疾病，还可见于甲亢的治疗过程中、糖尿病酮症酸中毒、严重肝肾疾病等。一般来说，总甲状腺素低需要同时检查促甲状腺激素、游离甲状腺素、游离三碘甲状原氨酸、甲状腺素、三碘甲状原氨酸及甲状腺抗体等项目，才可以明确甲状腺疾病的诊断。