通常情况下，新生儿上呼吸道感染能否自愈与引发感染的病因有关。由病毒入侵引发的上呼吸道感染可能会自愈，由细菌引发的上呼吸道感染通常不会自愈，应前往医院进行检查，查明病因，应用相关药物进行治疗。
1.能够自愈的情况
由病毒引发的上呼吸道感染可以通过自身免疫系统的作用，达到自愈的效果。病毒在侵入身体后，身体中的免疫细胞会产生特异性抗体，进而杀灭病毒，达到自行痊愈的作用。虽然可以自愈，但依然建议在医生的指导下应用利巴韦林颗粒、奥司他韦颗粒等抗病毒药物进行辅助治疗。
2.不能自愈的情况
对于细菌侵入人体后引发的上呼吸道感染的情况，是不能自愈的，这时需要在医生指导下，合理应用盐酸左氧氟沙星片、盐酸莫西沙星片等抗生素药物进行治疗，注意新生儿的保暖，不要使身体受凉，以免病情加重。