一般情况下，如果患者患有苯丙酮尿症，在患病后应当及时前往医院，在医生的指导下通过改善饮食、使用药物、其他治疗等方式进行治疗。
1、改善饮食：对于苯丙酮尿症的患者，严格控制蛋白质的摄入是很有必要的。患者应当尽量少吃高蛋白食物，应多吃蔬菜、水果等低蛋白食物，对于苯丙酮尿症的患儿，奶粉要换成低苯丙氨酸奶粉，以免导致病情进一步加重。
2、使用药物：除了在饮食上注意以外，患者还可以咨询医生以后使用一些药物来进行治疗，如别嘌醇片、盐酸沙丙蝶呤片等，可以有效缓解症状。建议可以开展新生儿筛查，早发现，早治疗，减少智力落后的情况发生。
3、其他治疗：如果患者不饱和脂肪酸或者是DNA水平低，为避免影响其神经发育，需要进行不饱和脂肪酸的补充。
建议患者在日常生活中应注意防护，饮食上应避免吃过于刺激性的食物，定期去正规医院复诊，然后根据医嘱调整治疗方式。