一般来说纳豆吃起来苦是正常的，是因为其生成了“苦味肽”。所谓“肽”，就是蛋白质的片段，这些肽往往有益于人体健康，比如调节免疫系统功能，降低血压，改善消化吸收能力等。纳豆味道特殊的原因是由于蛋白质高度分解的结果---蛋白质分解产生的氨基酸一般是鲜美的，但氨基酸再分解下去就会产生不良风味。
不能接受纳豆苦味道的话，可以将纳豆和朝鲜辣白菜一起吃，这种吃法即营养又美味；纳豆与芝麻和蜂蜜一起吃，即健康又可以美容养颜。
吃纳豆的益处很多，例如预防高血压、除皱、抑制雀斑和防止骨疏松等，但并不是所有人都适合吃纳豆。严重胃病患者吃纳豆的话，会损害胃粘膜；患有肾脏疾病的人群不能吃纳豆，不利于疾病的恢复；伤口未愈不适合吃纳豆，纳豆激酶抗血液凝结力强，服用易造成伤口出血。