抗原检查不可以应用自己的棉棒，因为自己的棉棒和抗原检查用的棉棒并不相同，自己家的棉棒主要是消毒棉花制作的，而抗原检查应用的是植绒拭子，应用植绒拭子的因素是它更合乎取样和检查。自身不包含其他的浸泡实验试剂及其细菌病毒，在生产过程中也规定无毒性无污染。
在进行抗原检查的情况下，取样结束后需要在取样的拭子在储存液中混合均匀最少三十秒，之后用手隔着取样管挤压5秒左右，这个过程叫样品的洗刷，如果是一般棉棒的情况下，并无法洗刷样品，而且会造成棉棒的头部吸取部分营养液，造成样品与混合液混合，不能够很好地检查，对结果产生很大的影响，所以并不能用自己的棉棒来代替抗原检查棉棒应用。同时在自己检查的过程中要遵守使用方法才能够最好最准的检查出结果。