抗原检测是有可能有假阴性的。一般携带病毒量很少的时候抗原检测可能出现假阴性，因为携带的病毒量少，在抗原检测的过程中可能检测不出来，就会出现抗原检测假阴性，这与检测试剂的敏感性也有关系。有些抗原检测试剂的敏感性在75%—98%，检测试剂的敏感性低也可能出现假阴性，检测的方法和程序的不正规也会影响检测的结果，所以抗原检测有可能会出现假阴性。
为了避免抗原检测出现假阴性，在标本采集的过程中，一定要规范操作，采样的位置及采样的规范程度也是造成抗原检测假阴性的原因之一。在检测的时候标本的过多或过少都会影响检测的结果，还有就是抗原检测试剂的判读时间，提前判读就有可能出现抗原检测的假阴性。试剂的保存温度等都可以影响检测结果，在采样检测过程中的规范操作可避免出现抗原检测假阳性。