先天性性别认知障碍是一种心理疾病，是指在成长过程中，孩子对性别的认知与自己本身的生理性别不相同，并且会配合做出不认同的一种行为，如穿和自己性别不相符的衣服，和自己认同的性别关系密切等。患者在患病后应当及时前往医院，在医生的指导下通过应用戊酸雌二醇片、十一酸睾酮软胶囊等药物进行治疗。
如果在幼年期孩童出现有先天性性别认知障碍倾向童，家长一定要做到发现之后及早治疗，及时前往专业医院找心理咨询师进行心理疏导，纠正孩童的性别观念，以免后期积重难返。同时家长应当注意保持孩童良好的生活习惯，可以让其适当多吃一些富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，多参加社交活动，适当加强体育运动，从而在一定程度上降低患者患上疾病的可能性。