盐酸万古霉素通常适用于败血症、关节炎、骨髓炎、感染性心内膜炎、肺炎等感染性疾病。一般说来，由对该药敏感的病菌引起的各种感染性疾病，都可注射盐酸万古霉素来治疗。该药既能通过抑制细菌细胞壁的合成达到杀菌作用，又能改变细胞膜的通透性。
但是万古霉素也有一些副作用，如有可能导致脑神经受损，眩晕、耳鸣、听觉低垂等，严重者可造成肾功能损害，出现急性肾功能不全，在临床应用当中需要格外注意。使用盐酸万古霉素时，对本药成分有过敏反应的病人，有肝功能严重、肾功能不全的病人，以及孕妇、哺乳期妇女，均禁用。应用本药物前，应由专业医师到医院进行诊断，明确病因后听从医嘱使用。