新生儿肠炎主要是由于细菌感染、病毒感染以及真菌感染、寄生虫等致病微生物引起的，当病原体进入新生儿消化系统时，会伴有发热、呕吐、腹胀、哭闹等表现，此时需要根据新生儿具体情况采取正确的方式帮助缓解症状。另外，家长需要减少喂养次数以及喂养量，同时需要补充体液，防止出现脱水。在新生儿腹泻期间，必须加强腹部的保暖，避免见风受凉，防止病情加重。
1、细菌感染、病毒感染：适用于细菌性肠炎，可以在医生的针对性选用抗生素进行治疗，比如头孢哌酮钠、头孢克肟、羧苄西林等。病毒感染通常以轮状病毒为主，可以选择利巴韦林、阿昔洛韦等抗病毒药物帮助缓解症状。
2、真菌感染、寄生虫等致病微生物：如果新生儿明确为真菌感染，应该停止抗生素治疗，改用制霉菌素、克霉唑等抗真菌药物进行治疗。寄生虫等致病微生物引起的应选择甲硝唑、替硝唑等药物，有利于增强肠道的屏障保护作用。