抗原检测和核酸检测并不是检测同一物质，二者存在本质区别，前者是通过检测病毒的结构蛋白，而后者是通过检测病毒核酸。通常抗原检测更方便快捷，可自行采样检测，但敏感性稍差；而核酸检测灵敏度更高，但其需要专业人员进行采样，且需要专业的检测仪器进行检测。
1、抗原检测：抗原检测是利用抗原抗体特异性结合的原理，其通过使用相应抗体，检测机体内是否存在病毒的结构蛋白这一抗原物质，从而来判断患者是否感染有相关病毒。经常进行抗原检测，有助于疑似人群的早发现、早分流，有利于大流行病的管理。
2、核酸检测：核酸检测是通过采集患者的呼吸道分泌物、血液、粪便等物质，通过相应的检测试剂盒查找其中是否存在病毒的核酸，即病毒的相关遗传物质。若患者通过核酸检测查出病毒核酸，则检测结果显示为“阳性”，表明患者已经感染该种病毒；相反若患者未查出，则检测结果为“阴性”，表明患者未感染病毒。通常核酸检测需要多次进行，避免出现假阳性或假阴性的情况。