临床上并没有研究显示中药对于间质瘤有较好的治疗作用，因此不建议患者应用中药进行治疗。一般手术是治疗间质瘤的首选措施，同时还可以采取药物治疗进行配合治疗。
1.手术治疗：不同位置的间质瘤，要采取具体的手术措施。如常见的食管间质瘤，常规的治疗手术以内镜黏膜下剥离术、内镜黏膜下隧道肿瘤切除术、传统开胸术、胸腔镜手术、胸腔镜辅助小切口手术以及食管部分切除术等手术方式为主。患者可根据自身的情况，在医生的指导下选择合适的手术方式进行治疗。
2.药物治疗：对于转移复发、晚期或不可手术切除的患者，可应用甲磺酸伊马替尼进行治疗。此药还可以用于术前辅助治疗。若应用甲磺酸伊马替尼治疗失败，还可应用舒尼替尼、瑞戈非尼等药物进行治疗。具体的药物选择，同样应听从医嘱。