一般情况下，早上起来嘴发苦可能是由于胆囊炎、牙龈炎等原因导致，可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。早上起来嘴发苦还可见于其他原因，建议前往专业医院，明确病因后在医生的指导下进行下一步处理。
1.胆囊炎：饮食习惯不良、病毒感染等原因可能会导致胆囊炎，临床表现为腹部疼痛、呕吐等症状。由于胆囊内部出现病变炎症时可能会导致胆汁分泌异常，如果出现反流至口腔内部时，可能会出现早上起来嘴发苦的现象。可以在医生的指导下使用硫酸镁、消炎利胆片等药物进行治疗，病情较为严重时可以采用胆囊切除术等方式进行治疗。
2.牙龈炎：食物嵌塞、牙错位拥挤等原因可能会导致牙龈炎，症状表现为口腔异味、出血等，所以会出现早上起来嘴发苦的现象。可以在医生的指导下使用过氧化氢溶液、氯己定等药物进行治疗。