白芥子通常有辛温走散等效用，所以它的副作用一般会有耗气伤阴，多食会昏目动火、泄气伤精，所以阴虚火盛、气虚久咳等的人群不宜使用。还有由于白芥子中含有白芥子油，会对皮肤黏膜有刺激作用，能引起充血、灼痛，严重会起泡等情况，而且内服过量可引起呕吐、腹痛、腹泻等症状，因此，建议在医生的指导下使用，如果病不能改善或加重，建议及时就医，以免耽误病情。
白芥子又名芥子，作为中药饮片又可称炒芥子、黄芥子等，为十字花科植物白芥的种子，味辛，性温，归肺经、胃经，具有温肺化痰、利气、散结消肿等功效，主要用于寒痰喘咳、悬饮、阴疽流注、肢体麻木、关节肿痛。