病毒感冒反复发烧39℃可能是由于病毒没有彻底清除、下呼吸道感染病毒等原因导致的，一般可以通过应用药物进行治疗，并且还需注意生活方式的调整。若症状没有缓解，建议患者及时去医院检查，明确病因后在医生的指导下进行下一步处理。
1.病毒没有彻底清除：通常当病毒早体内没有彻底清除时，病毒会在体内快速繁殖，病毒毒素过多，会导致人体的免疫力下降。患者常常伴有反复发烧39℃、流涕等症状，患者应遵医嘱应用布洛芬、奥司他韦等药物进行治疗。患者在日常生活中需注意清淡饮食，多喝水，多休息，出门佩戴口罩，并且需要避免重体力活动。
2.下呼吸道感染病毒：通常下呼吸道感染病毒是由于冠状病毒、流感嗜血菌等病原体感染导致的。患者常常伴有咳嗽、反复发烧等症状，患者应在医生指导下使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物进行治疗。