瘘管可在医生指导下用药物治疗，也可与手术治疗联合使用。患者平时要多吃新鲜蔬菜水果，避免摄入油炸类食物以及辛辣刺激性食物。病人家属要多与患者沟通，减轻其心理负担，让患者保持良好的情绪。
1.药物治疗：用抗生素，如甲硝唑和环丙沙星，可以促进瘘口愈合。还可用免疫抑制剂降低机体免疫力，常用药物有环孢素、甲氨蝶呤、他克莫司等，通常与抗生素联合使用，例如甲硝唑、环丙沙星等。此外患者也可用肿瘤坏死因子抑制剂，能有效改善症状，减少复发的可能性。
2.手术治疗：瘘管切除术是最常规的方法，目的是引流瘘管内的积液，发生病变的直肠，可直接进行直肠切除术。