一般情况下，跑步小肚子疼可能是由于肠痉挛、结肠炎等原因导致，可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。另外，跑步小肚子疼还可见于其他原因，建议前往专业医院，明确病因后在医生的指导下进行下一步处理。
1.肠痉挛：个人饮食习惯不良、着凉等原因，可能会导致肠痉挛的出现，临床表现为腹部疼痛、呕吐等症状，所以会出现跑步小肚子疼的现象。可以在医生指导下使用西托溴铵、颠茄合剂等药物进行治疗。
2.结肠炎：遗传因素、自身免疫异常等原因，可能会引发结肠炎，病情发作时可能会伴有下腹部疼痛、里急后重等症状，所以会出现跑步小肚子疼的现象。可根据医嘱应用甲硝唑、奥沙拉嗪等药物进行治疗，也可以采用回肠贮袋肛管吻合术等方式进行治疗。