胚胎着床后一般不会有褐色的分泌物，如果女性生殖器官分泌褐色分泌物可能是由于阴道炎、宫颈炎等原因导致，可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。
1.阴道炎：细菌感染、个人卫生习惯不良等原因，都可能会导致阴道炎的出现，临床表现为分泌物增多、瘙痒等症状，所以会出现褐色分泌物的现象。可以在医生的指导下使用制霉菌素、克林霉素等药物进行治疗。
2.宫颈炎：化学药物刺激、激素水平失调等原因，可能会引发宫颈炎，症状发作时可能会出现异常分泌物、不规则出血等，所以会出现褐色分泌物的现象。可根据医嘱应用氧氟沙星、左氧氟沙星等药物进行治疗，也可以使用息肉摘除术等方式进行治疗。