怀孕可以做核磁共振，但不建议在怀孕早期做核磁共振有可能会导致胎儿畸形，以及流产等。核磁共振检查时，会产生较大的噪音及热辐射，有可能会影响胎儿的神经系统发育及细胞分化，进而影响胎儿健康，有可能会出现胎儿畸形、流产、停育等情况发生，因此不建议怀孕早期做核磁共振。但因为核磁共振无放射性元素，对孕妇及孕中晚期的胎儿均无太大影响，因此孕中期、孕晚期的孕妇，可在医生指导下，对胎儿或自己进行核磁共振检查。
若孕妇在怀孕期间。考虑胎儿患特殊疾病，如胎儿脑部畸形，需进行诊断，在其他检查方式均不能确诊的情况下，可考虑使用胎儿核磁共振进行检查。但需注意，由于怀孕前三个月为胎儿神经系统发育关键阶段，三个月以内胎儿尽量避免做核磁共振。