结石碎了还疼可能是碎石排出中刺激到输尿管引起的。结石是因为尿液中的钙、尿酸、胱氨酸等成分形成结石沉淀在肾脏，引起腰背部疼痛、排尿困难、血尿、尿频、尿痛等症状。当结石在小于6mm时，对肾脏没有影响的，通常是采用药物排石保守治疗；当结石大于6mm时，就需要采用体外震波碎石或者经尿道输尿管镜微创碎石等手术方法，这种手术对身体影响比较小。
被击碎的碎石会通过输尿管排出体外，碎石会刺激到输尿管黏膜引起输尿管痉挛导致疼痛，患者可以通过大量喝水多排尿，加速促进碎石排出，就可以避免疼痛。术后还要检查碎石是否完全排出，如果体内还有碎石，就需要进行溶石治疗完全清除结石。经过治疗后大部分患者都可以治愈，但结石容易复发，所以要调整饮食习惯，多喝水促进排泄，定期复查。