连花清瘟胶囊通常不可以和999感冒灵一起吃，主要是由于两者都具有解热的功效，若是一同服用容易加大药物的毒副作用，不利于感冒病情的恢复，还会对身体产生影响。因此建议患者严格遵照医生的指导来服用药物，切忌自行随意增加药物或者换药。
连花清瘟胶囊能够宣肺解热，清瘟解毒，具有抗炎、抗菌等作用，如果出现了细菌或病毒感染的情况，可遵医嘱服用该药。若是只选择999感冒灵，一般只起到对症治疗的效果，发生细菌感染时建议在医生指导下再添加抗菌药，例如阿莫西林、阿奇霉素等；出现病毒感染，还可再选用奥司他韦、利巴韦林等药物。需注意的是，若服药三天还未能改善症状，应当及时就医。