重组蛋白疫苗和腺病毒载体疫苗的区别可以从原理、接种针剂以及两者的优缺点来看，患者可以根据自身情况在医生指导下选择合适的疫苗接种。
1、原理不同：重组蛋白疫苗是通过基因工程的方法在体外直接制备具有抗原活性S蛋白（用于识别病毒），然后注入体内，刺激机体产生免疫应答；腺病毒载体疫苗是把病毒的S蛋白的基因构建到腺病毒基因组。表面仍然是腺病毒的正常外壳蛋白，但里面的基因却是含有编码病毒的S蛋白的基因。当腺病毒侵染宿主细胞的时候，会将编码病毒S蛋白的基因都释放到宿主细胞，在细胞质中合成S蛋白，由S蛋白激发一系列的免疫反应。
2、接种针剂不同：重组蛋白疫苗需接种3针剂；腺病毒载体疫苗只需接种1针剂。
3、优点不同：重组蛋白的优点在于工艺成熟制备方法简单快速，安全性比较高，副作用小，能规模化生产；腺病毒载体疫苗的优点在于高效，只需打一针、能更快产生免疫反应。
4、缺点不同：重组蛋白疫苗的缺点在于接种针剂多；腺病毒载体疫苗的缺点在于可能产生的副作用比较大。