加湿器放凉白开有可能会促进细菌的繁殖与生长，也有可能会造成呼吸道疾病。凉白开中含有大量的矿物质，如镁、钙等，还有一种是用来消毒的漂白剂，这些物质通过一系列化学反应会产生白色粉末，这些粉末会堵塞喷嘴，降低加湿器工作效率，同时也会加速细菌的生长，一旦进入空气中，就会被吸入人体。其次，自来水中的氯化物、金属离子等会随水挥发入室内，再加上没有及时清洗，很容易引发呼吸道、过敏等疾病。
所以使用加湿器时要注意定时清理加湿器；尽量置入纯净水或者蒸馏水；避免在加湿器中加入其它“料”，如醋、精油、花露水、消毒剂、香水、柠檬汁等；避免整天整夜使用加湿器，在没有开窗通风的情况下，可能会使室内湿度超过50%，会使体内甲状腺及肾上腺素的浓度较低，此时就会出现无精打采、萎靡不振的状态；老年人、小孩、慢性肺疾病（包括支气管炎、哮喘、慢阻肺等）都要慎重使用加湿器。